本所係於民國八十一年七月一日財政部成立臺灣省北中南三區國稅局後二個月，即同年九月一日與臺灣省各縣市分局所一併成立，草創伊始暫與屏東縣稅捐稽徵處東港分處合署辦公，惟因業務量遽增原有廳舍己難容納，遂於九十年十二月整修後棟二樓倉庫為審查股辦公室及電腦機房。改善過去辦公空間狹窄，資料壅塞情形。加上以民為尊的擺設巧思，讓踏入國稅局洽公民眾，頓時有耳目一新、心情為之舒暢感覺。另為因應九十二年一月一日起營業稅收回自徵，乃於九十一年底前再裝修右棟二樓倉庫為營業稅辦公室。辦公處所堪稱外觀古樸，內部溫馨。

　　本所服務區域包括「東港鎮」、「新園鄉」、「林邊鄉」、「崁頂鄉」、「佳冬鄉」、「南州鄉」、「琉球鄉」等七個鄉鎮，本所分設四股，綜理營利事業所得稅、綜合所得稅、營業稅、遺產及贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅等各稅稽徵業務。