臺灣地區國稅稽徵業務，直轄市部分由財政部設國稅局負責稽徵；臺灣省部分，原係奉行政院令委託臺灣省政府代徵。民國八十一年二月十一日，財政部以台財稅第 811658863函報行政院，建議自同年七月一日起，將委託臺灣省政府代徵之國稅，由財政部設置臺灣省北、中、南三區國稅局自行徵收，並奉行政院八十一年二月二十八日台（81）財07369 號函核復﹐准予辦理。旋即積極展開在臺灣省設置北、 中、南區國稅局之籌設事宜，並於八十一年七月一日成立；九月一日再成立三區國稅局所屬分局與稽徵所，正式辦理臺灣省各地區國稅稽徵業務。自九十二年一月一日起，原委託各地區直轄市及縣（市）政府所屬稅捐稽徵處代徵之營業稅，回歸國稅局稽徵。

　　本局依稽徵作業程序功能劃分，綜理稅目包括營利事業所得稅、綜合所得稅、貨物稅、遺產稅、贈與稅、證券交易稅、期貨交易稅、菸酒稅及營業稅等各稅業務。